Em termos de estrutura administrativa, tal como nos outros três centros integrantes da Universidade, o CTC é gerido por meio de um Decanato, chefiado pelo Decano, eleito entre seus pares, e os Vice-Decanos (de Graduação, de Pós-Graduação, de Internacionalização e de Desenvolvimento), nomeados pelo Decano para compor seu gabinete. Os Departamentos constituem unidades autônomas, chefiadas por diretores e coordenadores, também eleitos por mandatos. No entanto, decisões de caráter acadêmico e administrativo são tomadas no âmbito de diferentes comissões e instâncias.

O Centro Técnico Científico está fisicamente dividido em nove departamentos: Engenharia Civil e Ambiental, Engenharia Elétrica, Engenharia Industrial, Engenharia Mecânica, Engenharia Química e de Materiais, Física, Informática, Matemática e Química. Entretanto, seus cursos de graduação e programas de pós-graduação têm caráter interdisciplinar, possibilitando uma eficiente integração entre as áreas de ensino e pesquisa.

Gestão atual:

Sidnei Paciornik
Decano

Ana Rosa F de Aguiar Martins
Coordenador Setorial de Graduação

Angela Ourivio Nieckele
Coordenador Setorial de Pós-Graduação

Sérgio Lifschitz
Vice-Decano de Internacionalização

José Marcus de Oliveira Godoy
Vice-Decano de Desenvolvimento

Débora Mondaini
Coordenadora do Ciclo Básico

Marcelo Dreux
Coordenador do Ciclo Profissional das Engenharias

Wilson Reis
Coordenador do NECE